העלילה מחזירה אותנו לתחילת הסיפור של איש העכביש: הוריו של פיטר פרקר נטשו אותו כשהיה ילד, והוא נאלץ לגור אצל דודו, בן, ודודתו מאי. במקביל לסיפור האהבה הראשון שלו, עם הנערה גוון, הוא מוצא מזוודה מסתורית ששייכת לאביו ויוצא לבדוק את נסיבות היעלמותם של הוריו - מסע שמוביל אותו למעבדתו של ד"ר קורט קונורס, שותפו של אביו, שבעיתות אחרות הוא נלחם כספיידרמן בפנים האחרות שלו, הלטאה.