העלילה מתרחשת לאחר עלילת הסדרה "דיג'ימון הרפתקה אפס שתיים". יצורים מוזרים מתחילים לצאת מתוך מיילים שמקבלים כל האנשים ברחבי טוקיו. קושירו מגלה שיצורים אלו הם בעצם קוראמון, צורת התינוק של דיאבולומון שהביסו לפני 3 שנים. כעת, הילדים שוב צריכים לשים סוף למזימותיו.