העלילה מתחילה בקפיצת זמן של בערך 20 שנה לאחר תום אירועי הסדרה המקורית. נארוטו, שהגשים את חלומו להיות שליט הכפר שלו, הוא אב לשני ילדים כאשר הבכור מביניהם הוא בורוטו. העלילה מתמקדת ביחסים שבין נארוטו לבין בורוטו. בנוסף, בורוטו משתתף בבחינות צ'ונין ובו בורטו נלחם נגד שיקאדאי, בנו של שיקאמארו. וביחד, קבוצת 7 החדשה מנסים לעבור את הבחינות. אך בדרכם עומדים נינג'ות עם ריננגאן בידיים ומנסים לעצור אותם. כל חמשת הקאגה נלחמים ומה עולה בגורלם של נארוטו וסאסקה?